A nyolcvanas évek végére a Közlekedéstudományi Intézet és leányvállalata, a TRANSINNOV szervezetén érezhetővé válik, hogy más társadalmi-gazdasági körülmények között és más feladatokra szerveződött.

A 257 főre csökkent KTT-TRANSINNOV együttes szervezetében 1991-ben 51 vezető található. Több olyan osztály (iroda) szerveződik, amelyben a kutatók száma nem több 2-3 főnél. Mindkét intézet hatékonysága folyamatosan csökken, és ezzel párhuzamosan megkezdődik a tehetséges kutatók elvándorlása is.

A kérdés az, képes-e a KTI az átalakuló gazdaságba beilleszkedni, az új kihívásoknak megfelelni és fejlődni, vagy sok más intézethez hasonlóan megszűnik. Ezt a reális veszélyt ismeri fel Siklós Csaba közlekedési miniszter, amikor 1991 áprilisában dr. Sztojanovits Ivánt miniszteri biztosként megbízza a KTI-TRANSINNOV-nál kialakult válsághelyzet felszámolására.

A miniszteri biztos a gazdálkodás stabilizálására és a tudományos kapacitás megőrzése, fejlesztése érdekében 1991. július 1-jén a KTI-t és a TRANSINNOV-ot egyesíti. A válságmenedzselés befejeztével távozik a miniszteri biztos. 1992. január 1-jétől Ecsedy Gábor veszi át az intézet vezetését.

Az intézet stabilizációját folytatva 1992. július 1-jétől a járműtechnikai vizsgálati tagozat TÜV Hannover-KTI Kft. néven Egri István vezetésével - német többségi tulajdonnal, 46 százalékos KTI tulajdoni hányad mellett - vegyes vállalattá alakul.

Az egyesített kutatóintézet folyamatos racionalizálás mellett - élesedő hazai és külföldi versenyben is - jól alkalmazkodik a változó piaci körülményekhez. Az intézet 1993. április 1jétől részvénytársaságként működik, az állami tulajdonosi jogokat az Állami Vagyonkezelő Rt. gyakorolja, ugyanakkor a szakmai felügyeleti jogkör megmarad a KHVM-nél. Ez az állapot 1995-ben szűnik meg, amikor is a KHVM visszakapja az intézet feletti tulajdonosi jogokat is.

A magyar gazdaság nehézségei ellenére az intézet belföldi és nemzetközi tekintélye tovább nő. Az intézet néhány tehetséges fiatal munkatárssal gyarapodik, alapkövetelménnyé válik az idegen nyelvek tudása és a számítástechnikai ismeret, az intézet folyamatosan korszerűsíti informatikai rendszerét.

Az intézet alapításának hatvanadik évfordulójára a közlekedési kormányzat mértékadó tudományos döntéselőkészítő intézményévé válik és mind eredményesebb a piaci versenyben is. A COST. PHARE, EU kutatási-fejlesztési programok keretében nemzetközi konzorciumok tagjaként eredményesen integrálódik az Európai Unió közlekedési kutatási-fejlesztési rendszerébe, bekapcsolódik a Gazdasági Együttműködési és Fejlesztési Szervezet (OECD) Útügyi Kutatási programjába.