A Tudománypolitikai Bizottság 1980. decemberében hozott határozatának végrehajtásaként a Közlekedés- és Postaügyi Minisztérium a KÖTUKI alapító határozatának hatályon kívül helyezése mellett megalapítja a Közlekedéstudományi Intézetet, egyúttal összlétszámát max.  320 főben állapítja meg. A jelentős átszervezésre váró intézet igazgatására dr. Bajusz Rezsőt nevezi ki a minisztérium.

Az intézet egyszerre működik rendszerintézményként (ellátja a közlekedés összehangolt fejlesztését megalapozó célprogramokból adódó feladatokat) és bázisintézményként (végzi és összefogja egyes komplex témák kutatását, fejlesztését). Az intézet a gyakorlati problémák megoldása. a tudományos kutatásnak a fejlesztési feladatok irányába való kiszélesítése érdekében 1983-ban megalapítja a TRANSINNOV Közlekedési Műszaki Fejlesztő Leányvállalatot, amelynek fő tevékenysége a műszaki szolgáltatás. A vállalat vezetésére dr. Kaján Béla kap megbízást.

A KPM - összhangban a tudománypolitikai irányelvekkel és a közlekedéspolitikai célkitűzésekkel - a kutatásirányítást a hatodik ötéves tervidőszakkal kezdődően korszerűsíti és a tárca kiemelt kutatási-fejlesztési feladatait az 1981-1990 közötti időszakban négy ágazati és hat alágazati, illetve négy ágazati és hat ágazati témacsoport keretében rendszerszemléletben a KTI részvételével, koordinálásával végezteti. A nagy jelentőséggel bíró, a teljes társadalmat érintő műszaki-gazdasági kutatási-fejlesztési programok végrehajtásából egyaránt kiveszi részét az utas és a járműves szakma, közös erőfeszítéseik eredményeként fokozatosan javul a hazai közlekedés helyzete, állapota, a magyar közlekedéstudomány nemzetközi megítélése.

Az intézet több mint bősz országgal és mintegy félszáz külföldi intézménnyel, szervezettel áll munkakapcsolatban. Hasonlóan kiterjedt hazai és nemzetközi kapcsolatokkal rendelkezik a leányvállalat is, amely kutatási tevékenysége mellett elsősorban élenjáró műszaki fejlesztésekkel segíti a magyar közlekedési vállalatokat.

 A két intézet szervezeti struktúrája, működési rendje közel tíz év alatt többször is változik.
 A KTI-nél és leányvállalatánál többször kerül sor vezetőváltásra. Az évtized végén a politikai, gazdasági. társadalmi változások a két intézmény működésére is hatással vannak. A csökkenő központi finanszírozás és a kialakult belső feszültségek ellenére az intézet talpon marad. a munkatársak többségének tudományos elhivatottsága az intézetet megmenti a széthullástól. A működési rendjében fellazult intézményt a tárca vezetése kényszerű átszervezéssel megerősíti, stabilizálja és újra a korszaknak megfelelő komplex közlekedéstudományi kutatások szolgálatisba állítja.